2006年11月17-19日，由中国社会科学院经济研究所、国务院发展研究中心、《管理世界》杂志社、福建师范大学、厦门大学等联合举办的“第二届海峡经济区发展高层论坛”，在福建省福州市温泉大饭店隆重举行，来自海峡两岸的120多名专家学者出席了此次盛会。CARD院长黄祖辉教授、博士生邓启明、林本喜，以及正在CARD进行合作研究的美国迈阿密大学访问学者Shirley Liu一行4人应邀参加了本次会议。
海峡经济区是福建省委、省政府首先倡导建设的一个具有地缘经济利益的区域经济共同体，它以台湾地区和福建省为主体，主要包括台湾、福建、浙南、赣东南、粤东等地区。此次论坛，与会专家们着重就如何推进海峡经济区建设的总体思路、战略措施和政策建议，加强两岸经贸、科技、文化合作交流的举措和建议，以及海峡西岸经济区建设与中国经济的发展等问题展开了深入的探讨。学者们认为，海峡经济区北接“长三角”经济区、南连“珠三角”经济区，地理位置优越，应当推进经济区内的交流与合作，推动海峡经济区的全面建设与发展，使之发展成为中国经济发展的一个重要增长极。
此次海峡西岸经济区之行，黄祖辉院长从全国人大常委会刚刚审议并通过了《农民专业合作社法》以及两岸经贸交流与合作的实际出发，应邀作了题为《台湾农业组织发展及其面临的问题与启示》的主题报告；黄祖辉院长一行还应邀走访了福建农林大学经济与管理学院、福建省农科院农业经济与科技信息研究所、福建省台湾农业研究中心等部门，与大陆及台湾地区专家学者就有关问题进行了深入的交流与探讨；在福建农林大学，黄祖辉院长还应邀为该校师生作了一场题为《中国农民合作社：理论、实践和政策》的精彩报告,受到了与会代表及到场师生的热烈反响，也给当地干部和师生们留下了深刻的印象。
CARD博士生邓启明等向大会提交了2006年浙江省台湾研究会同名资助项目的阶段性研究成果：《海峡两岸循环型农业交流与合作的策略选择》。